Theo kết quả kiểm toán năm 2010 tại Bộ GD-ĐT còn một số tồn tại. Cụ thể, một số đơn vị chưa phản ánh số đã chi từ nguồn thu học phí, một số nội dung chi chưa đủ thủ tục quyết toán hoặc sai nguồn kinh phí, sai chế độ. Một số trường thu học phí hệ chính quy, hệ không chính quy và lệ phí tuyển sinh vượt mức quy định của Nhà nước đồng thời tự ý thu nhiều khoản thu chưa có quy định của Nhà nước. Hầu hết các trường đều không nộp học phí đầy đủ và kịp thời vào Kho bạc nhà nước để kiểm soát chi… Tại các đơn vị trực thuộc Bộ, quyết toán sai nguồn kinh phí, không đúng chế độ, kinh phí còn dư hết nhiệm vụ chưa nộp trả ngân sách nhà nước (NSNN) theo quy định; trích thiếu học bổng so với mức tối thiểu quy định. Chi trả tiền vượt giờ cho giảng viên còn chưa đúng quy định.
Ông Bùi Hồng Quang, Phó Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính, Bộ GD-ĐT đề nghị: “Các trường cần bố trí lịch giảng dạy phù hợp cho các giảng viên, khắc phục tình trạng nhiều giảng viên có số giờ dạy thêm vượt giờ chuẩn cao và giảng viên dạy không đủ số giờ chuẩn theo quy định. Tăng cường công tác quản lý, sử dụng nguồn thu học phí, lệ phí và nguồn thu khác; trích và chi trả học bổng khuyến khích học tập theo đúng quy định; chấm dứt việc thu học phí, lệ phí vượt mức quy định và thu của sinh viên các khoản chưa có quy định của Nhà nước; thực hiện kê khai và nộp đầy đủ kịp thời các khoản thuế theo quy định”.
Năm 2012, Bộ GD-ĐT đã được giao ngân sách là 5.762.217 triệu đồng, tăng 5,4% so với năm 2011, trong đó dự toán chi thường xuyên sẽ là 4.832.530 triệu đồng, tăng hơn 15% so với năm 2011.
Về kinh phí chi thường xuyên trong năm 2012, theo Bộ GD-ĐT, năm 2012 là năm thứ hai của thời kỳ ổn định ngân sách ( 2011 - 2013) thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về tài chính theo Nghị định 43 của Chính phủ đối với các đơn vị sự nghiệp công lập. Các trường và các đơn vị trực thuộc Bộ được giao dự toán gồm 3 nhóm: Nhóm 1, gồm 7 trường ĐH thuộc khối kinh tế - tài chính, phải tự đảm bảo chi phí hoạt động thường xuyên, NSNN hỗ trợ một phần các hoạt động không thường xuyên. Nhóm 2 gồm 37 trường, trong đó các trường sư phạm được NSNN đảm bảo từ 60-70% chi hoạt động thường xuyên; các trường ĐH Sư phạm được NSNN đảm bảo từ 40-50% chi hoạt động thường xuyên; các trường ĐH khối văn hóa, thể thaotừ 50-70%; các ĐH khối Nông-Lâm-Ngư từ 30-50%; các trường khối công nghệ kỹ thuật từ 20-40%; nhóm 3, gồm 7 trường là các trường hữu nghị, vùng cao, dự bị đại học… được NSNN đảm bảo toàn bộ chi phí hoạt động thường xuyên.
Bộ GD-ĐT đề nghị các trường chủ động nghiên cứu, đề xuất với bộ về việc sửa đổi cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập trong lĩnh vực giáo dục đào tạo. Nghiên cứu, xây dựng định mức kinh tế kỹ thuật theo từng nhóm ngành đào tạo. Xây dựng cơ chế tính giá dịch vụ trong đào tạo để đề xuất với bộ thực hiện đổi mới cơ chế tài chính trong lĩnh vực giáo dục đào tạo.
